Hơn 30 năm vừa trực tiếp tham gia giảng dạy, nghiên cứu khoa học ,hướng dẫn  hàng trăm sinh viên làm luận văn tốt nghiệp , thạc sỹ và nghiên cứu sinh... vừa tham gia làm quản lý tại trường đại học hàng hải Vn góp phần đưa trường đại học hàng hải VN trở thành trường trọng điểm, có phong trào nghiên cứu khoa học , đào tạo sau đại học phát triển và  hiện nay ở vai trò hiệu trưởng trường đại học HP >>> một trường đại học lớn, đa ngành đa lĩnh vực  có lưu lượng hơn 20.000 sinh viên /năm...đang  tiếp tục cống hiến xây dựng đại học HP phát triển ổn định, bền vững.  Là người nhiệt huyết ,hết lòng vì sự nghiệp trồng người, hơn 20 năm tham gia giảng dạy  chuyên ngành kinh tế vận tải  thuỷ, giáo sư Thuyên luôn là giảng viên chính  xuất sắc, đóng góp tích cực đổi mới sự nghiệp giáo dục, cụ thể : chủ trì xây dựng chương trình mục tiêu đào tạo 2 ngành học  mới và  chủ trì  xây dựng  chương trình đào tạo cao học, tiến sỹ ngành kinh tế vận tải thuỷ...Trong lĩnh vực  bồi dưỡng học sinh giỏi-đào tạo nhân tài, giáo sư Vương Toàn Thuyên đã trực tiếp  hướng dẫn hàng chục sinh viên nghiên cứu khoa học  đạt kết quả cao  các cấp ...Cũng chính giáo sư Vương Toàn Thuyên đã có nhiều sáng kiến, giải pháp, công trình nghiên cứu khoa học các cấp có giá trị ứng dụng cao trong thực tiễn làm lợi cho ngành cho trường  nhiều tỷ đồng.Trực tiếp chủ trì cải tiến chương trình mục tiêu đào tạo ngành kinh tế vận tải biển, kinh tế vận tải thuỷ , tiến sỹ ngành kinh kinh tế vận tải thuỷ để năm 2000  bộ giáo dục đào tạo thẩm định và ra quyết định cho phép  trường ĐH Hàng hải được đào tạo tiến sỹ từ năm 2001.Nhiều đề tài  nghiên cứu khoa học cấp bộ, cấp nhà nước do  ông chủ trì  và tham gia được đánh giá cao tiêu biểu như đề tài : sử dụng tin học  nhằm nâng cao hiệu quả công tác quản lý và khai thác bến xếp dỡ  Container tại VN, nghiên cứu quy hoạch  phát triển đội tàu biển VN đến năm 2010, giải pháp nâng cao hiệu quả sử dụng kho bãi cảng HP, nghiên cứu giải pháp phát triển nguồn nhân lực  giao thông vận tải giai đoạn 2005-2020, nghiên cứu xây dựng qu chế chi tiêu nội bộ trường đại học HP...Với những đóng góp tích cực của mình , năm 2008  Nhà giáo nhân dân Vương Toàn Thuyên vinh dự đựơc  nhà nước phong tặng danh hiệu anh hùng lao động thời kỳ đổi mới. Đây là phần thưởng cao quý ,để rồi tiếp tục trên chặng đường  giáo dục đào tạo cũng như quản lý giáo dục  anh hùng lao động Vương Toàn Thuyên  không ngừng phấn đấu, cống hiến...  đưa đại học HP thành trường đa ngành đa lĩnh vực của vừng duyên hải Bắc Bộ.